Dicho programa permite que, a través de cada inspección, se verifique la presencia de daños ambientales para, en su caso, ordenar las medidas de reparación y compensación correspondientes.

La Constitución y la Ley Federal de Responsabilidad Ambiental ordenan a todas las autoridades del Estado Mexicano, incluida la PROFEPA, a investigar el daño y el deterioro del ambiente y determinar cuando una persona o una empresa sean responsables de tales afectaciones, con el objeto de que se imponga la reparación del daño. 

Adicionalmente en estos casos la PROFEPA puede imponer sanciones como clausura y multa.

La institución fue facultada también por dichos ordenamientos para demandar ante los Jueces federales la imposición de multas de hasta 40 millones de pesos y la imposición del embargo de bienes y recursos financieros para garantizar la tutela del medio ambiente. 

La responsabilidad ambiental también debe ser materia de las denuncias penales que la PROFEPA presenta ante el Ministerio Público, que pueden dar lugar a penas de prisión de hasta 12 años para los responsables. Por ello, es que durante este año  la PROFEPA presentó 676 denuncias penales ante el Ministerio Público de la Federación.

Asimismo, durante este año se implementó un protocolo para grandes delincuentes ambientales que ocasionan daños al entorno y resisten los mandamientos de la PROFEPA. 

En el 2016 la PROFEPA actuó en dos casos promoviendo acciones judiciales de responsabilidad ambiental con las que se demandó la imposición de multas de hasta 40 millones de pesos y la orden de reparación del año por el Poder Judicial. 

De estas acciones ya conocen los Jueces federales a los que en el 2015 el Consejo de la Judicatura Federal les confirió la jurisdicción ambiental especializada.

Para atender a las víctimas en materia ambiental, la PROFEPA suscribió un convenio con la Comisión Ejecutiva de Atención a Víctimas, y emitió nuevos criterios internos para atenderlas en el procedimiento administrativo, reconociendo su interés legal en las actuaciones de la Procuraduría.

Para fortalecer la capacidad probatoria institucional, en el 2016 la PROFEPA contrató y capacitó a un grupo de peritos de tiempo completo en las materias de criminalística, daño forestal, impacto ambiental y biología a efecto de desarrollar y profesionalizar las  pruebas científicas que utiliza la institución en los procedimientos administrativos, penales y judiciales.  

Con estos peritos se inicia una nueva etapa de investigación científica del daño y el deterioro del medio ambiente, con el objeto de determinar la responsabilidad e imponer las obligaciones de reparación que mandata la Constitución. 

En el año en curso, la PROFEPA participó con la Unidad Especializada en Investigación de Delitos Contra el Ambiente y Previstos en Leyes Especiales de la PGR, en la primer audiencia pública oral del nuevo sistema penal, iniciada por un delito contra el ambiente.

Asimismo, la PROFEPA trabajó intensamente en cinco cursos de capacitación avanzada para investigación de los delitos contra el ambiente, persecución de la delincuencia corporativa en materia de daños al entorno, así como de litigación en el nuevo sistema penal acusatorio con la Policía Federal, la Procuraduría General de la República, el Instituto Nacional de Ciencias Penales y la Universidad Panamericana. 

Como resultado de ellos, en el 2016 la PROFEPA participa de manera activa como litigante en las audiencias públicas orales del nuevo sistema penal, velando por la acreditación de la responsabilidad penal de personas y empresas y la correcta reparación del daño al ambiente conforme lo mandata el Código Nacional de Procedimientos Penales y la Ley Federal de Responsabilidad Ambiental. 

De manera paralela en el año en curso se concluyeron trabajos de análisis de las normas del procedimiento administrativo sancionatorio con el que opera la institución, que fueron diseñadas en 1988 y no han sido actualizadas desde 1996. 

Con base a estos estudios la PROFEPA completó el diseño de una serie de reformas normativas tanto orgánicas como procesales que le permitirán en el 2017 reformar la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, precisar el procedimiento administrativo para cumplir con lo que ordena la Ley Federal de Responsabilidad Ambiental, y con ello actuar con mayor eficacia, contundencia y transparencia.

Las reformas incluyen asimismo, el estudio de la participación de grupos delincuenciales organizados y la inclusión de ciertos delitos contra el ambiente en la Ley Federal Contra la Delincuencia Organizada.